Компания была основана в 1917 Генри Лиландом после того, как он был вынужден оставить Caddilac, перешедший к General Motors. В 1920-1921 годах он вместе с сыном учредил компанию Lincoln, которая принялась за постройку автомобилей. Название было дано в честь президента Авраама Линкольна.

Сначала выпускались двигатели для военных самолетов. Генри Лиланд, создатель V-образного двигателя, применил его для оснащения первой же модели класса «люкс», получившей название Lincoln V8. Коммерческая сторона проекта провалилась – машины плохо продавались из-за их непредставительного внешнего вида. Спустя два года, с большим списком долгов и неоплаченных налогов компания оказалась на грани банкротства. Желая как-то поправить положение, Лилэнды в 1922 году продают Lincoln Генри Форду.

В составе корпорации Ford фирма обрела новое дыхание. Приобретенное отделение, теперь выпускающее машины класса «люкс», смогло составить достойную конкуренцию Cadillac. Красавцы-линкольны быстро стали любимчиками в среде высокопоставленных особ, гангстерской элиты и полицейских. Дела у фирмы пошли в гору. Однако, из-за разногласий с Фордом, Лилэнды вынужденно оставляют компанию. Руководство Lincoln перешло к Эдселу Форду, сыну Генри Форда.

Генри Мартин Лиланд скончался в 1932 году в возрасте 88 лет. В начале 30-х, в годы, хорошо известные как Великая депрессия, упал спрос на шикарные респектабельные автомобили, и фирма выпускает экономичный Lincoln KV с 12-цилиндровым V-образным двигателем. За ним следовал рассчитанный на массовое производство Zephyr, изначально планировавшийся как «автомобиль для бедных». На основе этой модели затем был разработан известный кабриолет Lincoln Continental, являвшийся уже машиной класса «люкс».

Эта модель многократно снималась с конвейеров и вновь возвращалась на производство, модернизировалась, обретая стильное купе класса «люкс», новый аэродинамический кузов, электронно-регулируемую подвеску, антиблокировочную систему и прочее. Последний Континенталь, вышедший в 1995 году, уже мало был похож на своих предшественников.
Различные новшества, все время совершенствующееся техническое оснащение, постоянная доработка модели позволили Continental стать достойной визитной карточкой марки. Также к знаковым моделям в истории Lincoln можно отнести Lincoln Town Car, предназначенный специально для жителей больших городов и предлагающий множество систем комфорта водителю и пассажирам. Эта модель контролирует 85% выпуска лимузинов на американском рынке.
С января 1997 отделение выпускает самый роскошный в Соединенных Штатах внедорожник Lincoln Navigator, изготовляемый на базе Ford Expedition.